Roca supo que se preparaba una revolución para voltear al gobierno. Eran hombres de la Unión Cívica, una agrupación que congregó a personalidades de la talla de Leandro N. Alem, Aristóbulo del Valle, Torcuato de Alvear, Francisco Barroetaveña, y muchos otros, que propugnaban la creación de una nueva agrupación que salvase al país, en las antípodas del ideario partidario oficialista.

Cuando el 29 de julio de 1890 estalló el movimiento y la ciudad se convirtió en un campo de batalla, el astuto Pellegrini lo convenció de que dejase la capital, que él se encargaría de manejar la situación. El resultado es por todos conocido: Pellegrini, al dominar la revolución, quedó como el héroe del momento y el presidente casi un cobarde que, ante un conflicto, había preferido alejarse. La frase que entonces se grabó a fuego fue que “la revolución está vencida, pero el gobierno está muerto”.

Se convertiría en el primer presidente argentino en renunciar a su cargo. En el texto de su renuncia, decía que ese no era el momento de discutir los actos de su gobierno pero que, sin embargo, creía en la justicia y que cuando se hubieran acallado las pasiones, se pudiese analizar lo que hizo como presidente. Eso nunca ocurriría.

Nunca más habló, ni brindó su visión de los hechos. Murió el 15 de abril de 1909 en Arrecifes, olvidado e ignorado -en la ciudad de Buenos Aires no hay una calle o una plaza que lo recuerde- a ese, que de joven, ambicionaba con llevarse el mundo por delante.